El priorato de San Tomás de Fluvià fue fundado por los monjes de San Víctor de Marsella hecho que se debía producir entre los años 1066 y 1098 año en que se menciona en un documento que hace referencia a la donación que Guillem Fonollers hizo del lugar para construir el priorato. Tampoco se sabe la fecha exacta de su consagración, que hay que situarla a caballo del nuevo siglo XII. La presencia monástica siempre fue muy escasa.

La iglesia es de las postrimerías del s. XI o comienzo del XII, consta de una sola nave, cubierta con bóveda apuntada, con un transepto y cabeceada por tres ábside semicirculares. En la fachada de poniente que corresponde a una reforma tardía, hay una puerta adovelada, un ojo de buey y un pequeño campanario de espadaña.

Conserva un conjunto pictórico descubierto al restaurar la cubierta. En el ábside encontramos la figura del Señor en majestad, dentro de una ancha mandorla y rodeado por el tretramorfo y seres angelicales. En la parte de la bóveda hay la representación de los 24 ancianos del Apocalipsis, aquí reducido a 12 y en grupos de tres.

Si seguimos la descripción por el lado norte veremos muy malograda la entrada a Jerusalén, encima de esta escena hay la Santa Cena, a continuación hay representado el tema del encarcelamiento de Cristo, aparece san Pedro que corta la oreja a Malcus y después la figura de Jesús, que con la mano derecha la cura, mientras un soldado le coge el otro brazo. La siguiente escena es la Crucifixión. El último tema es el de las tres Marías delante del sepulcro.

Son pinturas que se pueden fechar a finales del siglo XII o comienzos del XIII.

En el interior de la iglesia se conserva una pila bautismal románica.