A finales del siglo X se habla de una cueva en la cual había culto, probablemente una capilla, pero más tarde se convirtió en monasterio. Nació como una abadía independiente, para más tarde unirse a la abadía de Sant Víctor de Marsella, así, el monasterio se convirtió en priorato, regido por un prior y cinco monjes. En los primeros siglos fue ayudado por los señores del lugar, aunque nunca fueron más de cuatro o cinco miembros. A inicios del s. XIV comienza una vida lánguida para el monasterio: se habla de uno o dos monjes y un sacerdote que se cuidaba de la vecina parroquia de Sant Martí, pero esto no impidió la construcción de la casa prioral gótica en el s. XV. En el s. XVI es secularizado y pasa a depender de la catedral de Girona, más tarde con la desamortización es vendido y se convierte en un lugar turístico.

Sant Miquel del Fai es la iglesia troglodita más grande del país construida debajo una gruta. El edificio fue ampliado y modificado en época gótica, pero conserva de época románica buena parte de la fachada sur, con la puerta de entrada. Esta puerta es de arco de medio punto, con una arquivolta que descansa sobre dos columnas con capiteles vegetales. A cada lado de la puerta hay dos arcosolios con tumbas antiguas, una de ellas convertida en fuente.

Hay noticias de su presencia ya en el siglo X, pero es a partir del s. XIII que ya se sabe que era la parroquia de las diversas masias de los alrededores. Al irse despoblando el término, coincidiendo con el poco auge del monasterio, en el s. XV, el sacerdote abandonó Sant Martí trasladándose a Sant Miquel, pero manteniendo el culto en la antigua parroquia.

Es un edificio de una sola nave, cubierta con bóveda de cañón y rematada por un ábside semicircular. La puerta de entrada se encuentra en la fachada sur y está formada por un arco de medio punto adovelado. En la juntura de la nave y el ábside hay los restos de un campanario de espadaña.