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Según la documentación conservada, existió un templo anterior, consagrado el 958 por el obispo Arnulf de Girona. Estaba bajo la advocación de san Esteban, san Juan y san Miguel. Formaba parte del vizcondado de Besalú y así en el año 1079, los vizcondes, como propietarios suyos, lo cedierón al monasterio de San Víctor de Marsella, que fundó un priorato benedictino. En el año 1117 fue consagrada la nueva iglesia del priorato, que también ejerció como parroquia de las Fontibus inferiores.
Aunque tenía muchas donaciones y gozaba de un importante patrimonio, tuvo pocos monjes. En el siglo XV encontramos San Juan sin comunidad y simplemente como parroquia. A pesar de las diversas alteraciones que con el paso del tiempo sufrió, se puede fechar su construcción actual del siglo XII.
Es una construcción de planta basilical de tres naves, sin transepto, acabadas en tres ábsides, uno de los cuales fue derribado en el s. XVIII para hacer la sacristía. La nave central esta cubierta con bóveda de medio punto apuntada, mientras que las laterales lo son con bóvedas de cuarto de círculo. El ábside central está decorado con unas arcadas que apoyan en unas columnas con ménsulas, con una decoración lombarda de arquerías y lesenas y ventanas de doble derrama. Encima corre un friso de dientes de sierra semejante al que hay en las fachadas. Los mismos motivos se representan en la absidiola, pero sin columnas.
La puerta de acceso se sitúa en la fachada de poniente, está formada por arcos de medio punto lisos, en degradación, sustentados por dos columnas rematadas por capiteles y con una arquivolta decorada. El dintel y el tímpano son lisos, está coronada por una rosetón. Actualmente queda protegida por un porche.
En el interior destaca la nave central, más alta que las laterales. Los capiteles esculpidos llevan principalmente decoración vegetal, hay un par con decoración zoomòrfica que representa grifos y la cabeza de un león. Algunos ábacos se han ornado con motivos vegetales o geométricos.
Fuera de la iglesia, en la fachada norte, hay un bloque de piedra con la representación de un león.
En el interior hay una pila bautismal de grandes proporciones decorada con figuras y motivos de cuerda.
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