La iglesia es uno de los pocos elementos que quedan de la comunidad monástica benedictina de Sant Miquel de Cruïlles, se edifico a mediados del siglo XI en un lugar ya ocupado en época romana. A inicios del siglo XVI el derrumbe de una parte de la cubierta provocó que la nave central quedase recortada y que se hubiera de construir una nueva fachada y unos contrafuertes con tal de reforzar el edificio.

Es un templo de planta basilical de tres naves, cerradas por tres ábsides semicirculares y con un transepto. Las naves están cubiertas con bóvedas de cañón, que apoyan sobre pilares cruciformes y arcos torales de medio punto. El transepto también tiene bóveda de cañón, y destaca, en el punto de intersección con la nave, una cúpula semiesférica sobre trompas que en el exterior se traduce en un cimborrio.

Fuera de la parte del transepto, todo el edificio esta ornamentado con decoración lombarda: en los ábsides con arcuaciones y lesenas, y en los muros laterales, con un friso seguido. En el ábside central se abren tres ventanas abocinadas, mientras que en los ábsides laterales solo hay una.

El campanario de torre actual es del siglo XVI, como también es del mismo siglo la fachada de poniente donde se abre la puerta, que se sitúa en el primer tramo de la nave original, dejando este espacio descubierto, fuera de la iglesia.

Del resto del conjunto monástico solamente quedan unos muros en la pequeña plaza y que corresponden a la fachada de la sala capitular, cuyo elemento más interesante son las ventanas geminadas con dos arcos y capitel muy plano, que flanquean la puerta.

El ábside principal conserva unos fragmentos de pintura de la segunda mitad del siglo XII que son de las más originales que se conocen en pintura mural románica en Catalunya. Debajo de las ventanas absidiales hay un registro decorado como si fuera un tejido oriental que imita unos cortinajes. Destacan, sobre un fondo rojo, una doble hilera de leones enfrentados de color blanco, y entre las ventanas, unas columnas pintadas muy mal conservadas. En el muro de cierre del crucero izquierdo también hay restos de pintura que representan la traición de Judas.

En el interior de la iglesia se conserva una pila bautismal románica, de piedra, bastante sencilla, que en la parte superior lleva la inscripción 1232 FONS.

El castillo ya se encuentra documentado en el siglo X, la familia de los Cruïlles, de los cuales llevan el nombre el pueblo y el castillo, son gente importante dentro del Baix Empordà y muy cercanos a las cortes reales, presentes en las luchas al lado de los reyes catalanes. En el siglo XIII los Cruïlles se unieron con los Peratallada con el matrimonio de Gilabert de Cruïlles y Guilleuma de Peratallada, de esta manera quedan unidos los dos señoríos más importantes de esta zona con extensos territorios en el Empordà. El castillo es del siglo XI o principios del XII.

La torre de Cruïlles, es lo único que se conserva del castillo. Es de planta circular, con una altura de 26 m. A medida que se sube coge la forma troncocónica. La antigua puerta de acceso se encuentra a unos 7 m de altitud, esta adovelada y con un arco de medio punto.

Hay otros elementos dispersos por el pueblo que seguramente formaban parte del castillo.